Ninjah to gra zręcznościowa, w której naszym zadaniem jest jak najszybsze pokonanie 50 etapów. Na początku możemy swoich sił spróbować tylko na trzech planszach, ale w nagrodę za ukończenie poziomu, odblokujemy dostęp do kolejnego. Zadania stawiane przed graczem stopniowo stają się coraz trudniejsze i wymagają bardzo uważnego kierowania bohaterem. Samo sterowanie wymaga użycia myszy i klawiatury. Przed rozpoczęciem każdej misji zobaczymy, które elementy, spośród ruchu, strzelania lub liny, będą dostępne na tej planszy. Może się bowiem zdarzyć, że przyjdzie nam ukończyć etap za pomocą strzelania z pistoletu.